1978年至1984年6月，伊吾县统计工作由伊吾县计划统计局负责，1984年6月，统计业务从县计划统计局划出，成立伊吾县统计局。1993年10月，伊吾县统计局与计划委员会合并，统计工作再次由县计划统计局负责。2002年6月，伊吾县统计局重新单设。2019年2月，伊吾县统计局与伊吾县发展和改革委员会合并，统计工作再次由县发改委负责。2020年4月伊吾县统计局单独设立。下设一个事业单位即伊吾县统计普查中心（伊吾县统计调查监测中心），主要履行政府统计职能。2022年共有15名编制，实有干部职工18人。