伊吾县水利局为行政机构,下设办公室、项目办公室、水政水资源办公室、水库管理总站、水利信息化中心。下辖直属事业单位3个,包括伊吾县水管总站、水政监察大队及防汛抗旱指挥部办公室。2016年为了方便项目申请,将农村安全饮水管理站与水管总站也进行了合并,实行“两块牌子一套人马”。2017年根据河(湖)长制工作要求,我县成立伊吾县全面推行河长制工作领导小组办公室(简称:伊吾县河长办),设在水利局,人员暂由水政水资源办公室工作人员兼任。