根据哈密市委员会办公室《印发<哈密市生态环境局职能配置、内设机构和人员编制规定>的通知》,哈密市生态环境局伊吾县分局作为哈密市生态环境局派出机构,下属事业单位3个,分别为伊吾县生态环境保护综合行政执法大队、生态文明建设办公室、环境监测站。哈密市市委编委《关于整合组建市、县生态环境保护综合行政执法队伍的通知》,伊吾县生态环境保护综合行政执法大队与哈密市生态环境局伊吾县分局实行“局队合一”体制。