1984年7月，根据《关于设立县审计局的通知》（伊党发（1984）40号）文件精神，设立伊吾县审计局，机构规格为正科级。

目前，内设二级机构为伊吾县投资审计专业局、伊吾县经济责任审计办公室。

其中：2007年1月，经伊吾县编制委员会批准成立伊吾县投资审计专业局（伊机编字[2007]12号）。

2012年6月，经伊吾县编制委员会批准成立伊吾县经济责任审计办公室（伊机编字[2012]26号）。

2019年4月，经伊吾县委审计委员会审议通过，设立伊吾县委审计委员会办公室，办公室设在县审计局。

审计局内部设立四股一室，即办公室、法制股、财金股、投资股、经责股。

办公地点:伊吾县振兴路

办公电话：0902-6721032