伊吾县位于新疆维吾尔自治区东北部,天山北麓东段,东北部与蒙古国交界,西部与巴里坤哈萨克自治县相邻,南部与哈密市伊州区隔山相望,喀尔里克山主峰最高达4888米,淖毛湖盆地最低海拔为260米,县城海拔为1700米。总面积19519平方公里,县城距伊州区176公里,地理坐标为东经93°35′~96°23′,北纬42°54′~44°29′,县境东西长215千米、南北宽175千米。