伊吾县水利局为行政机构，下辖直属事业单位5个，包括伊吾县水管总站、水政监察大队、防汛抗旱指挥部办公室、伊吾县水库管理站及伊吾县水利工程质量监督管理站。2016年为了方便项目申请，将农村安全饮水管理站与水管总站也进行了合并，实行“两块牌子一套人马”。2017年根据河（湖）长制工作要求，我县成立伊吾县全面推行河长制工作领导小组办公室（简称：伊吾县河长办），设在水利局，人员暂由水政水资源办公室工作人员兼任。